Aus diesem Grund habe ich schon des Öfteren nach Alternativen gesucht, aber keine wirklichen Alternativen gefunden. Zumindest bis jetzt, den jetzt habe ich TTY Plus entdeckt. Und dieses Addon zu Putty sollte man sich mal anschauen. Es wird aktuell noch weiterentwickelt und hat schon ein paar echt gute Ansätze.
http://www.ttyplus.com/
Man kann seine Server in Ordnern strukturieren. Und findet sie so schnell wieder. Ich werde auch in den nächsten Tagen dokumentieren wie man seine Putty-Einstellungen sichern und wiederherstellen kann. Und mein eigenes Collor-Schema hier veröffentlichen.